Nextstrain, le site vedette qui suit le virus à la trace

L’épidémie de Covid-19 a divisé en deux la population de ceux qui tentent de la suivre. Il y a ceux qui scrutent chaque jour les chiffres du nombre de cas, de décès, d’admis en réanimation… Et il y a ceux qui regardent le site Nextstrain. Si les premiers s’intéressent aux victimes, les seconds sont concentrés sur le coupable, le coronavirus SARS-CoV-2. « Nous avons des centaines de milliers de vues quotidiennes en ce moment », indique James Hadfield, l’une des chevilles ouvrières de cette plate-forme née en 2016. Il travaille dans l’un des deux groupes qui l’a lancée, l’équipe de Trevor Bedford, au centre de recherche contre le cancer Fred-Hutchinson (Seattle, Etats-Unis). L’autre groupe est à l’université de Bâle, en Suisse, dans l’équipe de Richard Neher.

Le site parvient à synthétiser de façon très visuelle et esthétique les propriétés de plus de 3 900 génomes du nouveau virus, prélevés dans une soixantaine de pays (au 16 avril). Une carte mondiale montre l’origine géographique de ces séquences – surtout en Chine, aux Etats-Unis et en Europe – ainsi que les voies que le virus a suivies. Apparaissent également les régions de la séquence génétique où des mutations (ou substitutions) ont été notées, parmi les 30 000 « lettres » que compte ce génome.

Les quelque 200 échantillons français permettent de voir d’un seul coup d’œil qu’il y a eu probablement plusieurs introductions dans le pays

Enfin s’affiche l’arbre généalogique du coronavirus, avec son tronc, ses branches, ses rameaux et toutes les feuilles que constituent les variants. En filtrant par pays, les quelque 200 échantillons français permettent de voir d’un seul coup d’œil qu’il y a eu probablement plusieurs introductions dans le pays, en provenance de Chine, d’Europe voire des Etats-Unis.

Une plus grande ouverture de la recherche

L’un des points forts de Nextstrain est justement de présenter ces fameux arbres qui, à la différence de l’origine géographique, sont difficiles à obtenir. Ils sont calculés par des algorithmes proposant les relations les plus probables entre ces séquences qui, parfois, ne varient que de quelques lettres. A partir de là, les chercheurs traquent l’origine de la contamination, surveillent des mutations dangereuses, voire en déduisent des propriétés de la transmission de l’épidémie. « Nous voulions présenter ces analyses en temps réel de façon à ce qu’elles servent lors d’une épidémie. La manière traditionnelle de publier en science n’est pas adaptée dans ce cas-là, car les résultats peuvent ne pas être à jour. Evidemment, Nextstrain ne veut pas remplacer ces articles », explique James Hadfield.

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